Arnar Þór útskrifaðist frá læknadeild Háskóla Íslands árið 1996. Hann stundaði framhaldsnám í háls-, nef-, og eyrnalækningum á Karolinska sjúkrahúsinu í Solna í Svíþjóð frá 1998 til 2003 og á Akademiska sjúkrahúsinu í Uppsala á lýtalækningadeild frá 2002-2003. Arnar Þór starfaði sem sérfræðilæknir við háls- nef-, og eyrnadeild Karolinska sjúkrahússins í Svíþjóð frá 2003 til 2007. Hann hefur verið sérfræðilæknir á Landspítala samfellt frá árinu 2007 og með eiginn stofurekstur. Arnar Þór var læknir í þyrlusveit Landhelgisgæslunnar frá 2008 til 2013. Frá janúar 2016 hefur Arnar Þór tímabundið verið settur yfirlæknir háls-, nef-, og eyrnalækninga á Landspítala.
Arnar Þór Guðjónsson ráðinn yfirlæknir háls-, nef-, og eyrnalækninga
Arnar Þór Guðjónsson hefur verið ráðinn yfirlæknir háls-, nef-, og eyrnalækninga á Landspítala frá 1. janúar 2017 til fimm ára.